The boat runs through the bridge还是The boat runs under the bridge.如果两句都正确的话，他们的区别是

应用 through.

through 是穿越。under 是在下边。都是介词。

第一句意思是，船穿越了桥（洞），很正常。

第二句的意思是， 船在桥下跑，不合逻辑。

综上，这两句都没有语法错误，但意思不一样，第二句不合常理，所以应为 through.