南斯拉夫解体的分裂和战争
斯洛文尼亚 – 在1990年12月23日举行的公投中，88.5%的投票者支持独立（投票率94.8%）。
斯洛文尼亚在1991年6月25日宣布独立。
克罗地亚 – 在1991年5月2日举行的公投中，93.24%的投票者支持独立，克罗地亚在1991年6月25日宣布独立。
马其顿 – 在1991年9月8日举行的公投中，95.26%的投票者支持独立，马其顿在1991年9月25日宣布独立。
波黑 – 在1992年2月29日和3月1日举行的公投中，92.7%的投票者支持独立，波黑在1992年3月3日宣布独立。
斯洛文尼亚、克罗地亚和波黑于1992年5月22日加入联合国，马其顿于1993年4月8日加入联合国。 在1991年1月，KOS（南斯拉夫的反间谍组织）公开了一个秘密会议的视频，在视频中，有克罗地亚人国防部长马丁·斯皮格尔和两个其他人出现。斯皮格尔宣传他们正在和联邦军队作战，并对另外二人下达了要求走私武器的指示，并传授了如何处理驻扎在克罗地亚城市的南斯拉夫军队的方法，随后军队试图起诉斯皮格尔，理由是叛国和试图非法进口武器。
克罗地亚军队被发现进口武器以对付在克宁的事态。波黑、克罗地亚、马其顿和斯洛文尼亚均选出了倾向独立的政府。斯洛文尼亚要求尊重公投的结果并独立，南斯拉夫面临迫在眉梢的瓦解危机。
在1991年3月12日，南斯拉夫人民军和联邦主席团的主席会面，军队试图说服主席南斯拉夫进入紧急状态，这将使得军队控制国家。南斯拉夫军队的总参谋长维利科·卡迪耶维奇认为，破坏国家的阴谋正在进行，他声称：
破坏南斯拉夫的卑劣计划正在实施。其第一步是内战，第二步是外国介入。并且在南斯拉夫各地建立傀儡政权。——维利科·卡迪耶维奇、1992年3月12日
这一声明意味着要求独立的各***和国政府是西方国家的爪牙，必须清除。克罗地亚代表斯捷潘·梅西奇对此十分愤怒，认为约维奇和卡迪耶维奇为了实现大塞尔维亚而试图动用军队力量。而约维奇和卡迪耶维奇则批评“这就是战争”，对各***和国代表要求他们同意实施戒严令，并声称不实施戒严令的话南斯拉夫就会崩溃。在这场会议上，提出了为了终结在克罗地亚的危机，以及承认保护塞尔维亚人的军事行动而实施戒严令的提案。表决因波黑代表中塞尔维亚人的反对而被否决。波黑代表认为，仍有不使用武力通过和平方式解决问题的可能，反对实施戒严令。联邦主席团在此之后很快闭会。约维奇的联邦主席团主席任期在会议后结束，约维奇阻止次任主席克罗地亚人斯捷潘·梅西奇就职，而让亲近米洛舍维奇的黑山政府的布兰科·科斯蒂奇就任主席之职。
在1991年5月19日，克罗地亚举行了决定是否独立的公民投票。83.56%的选民参加了投票，而塞尔维亚人则抵制投票。94.17%的投票者支持克罗地亚独立（占总数的78.69%，1.2%则表示反对。）
斯洛文尼亚和克罗地亚都在1991年6月25日宣布独立。翌日（6月26日），联邦主席团下令军队要控制南斯拉夫各***和国的边界。然而，南斯拉夫人民军并不愿意在自己的国土上进行战争。1991年7月7日，在世界各国的施压之下，南斯拉夫联邦和斯洛文尼亚及克罗地亚达成为期三个月的停火协定，称为布里欧尼协定。斯洛文尼亚和克罗地亚暂缓独立三个月，在这个期间中，南斯拉夫军队必须完全从斯洛文尼亚撤离。
恢复南斯拉夫联邦的谈判在欧洲***同体和彼得·卡灵顿计划方案之时以失败告终。在卡灵顿的计划中，南斯拉夫将分阶段解体，各***和国承认联邦其他构成***和国的独立。作为交换，欧洲诸国对米洛舍维奇政权保证居住在塞尔维亚国王的塞尔维亚人将得到保护。然而米洛舍维奇并不同意这个计划。欧洲***同体并没有解体南斯拉夫的权利，并且这项计划将塞尔维亚人分割在塞尔维亚、黑山、波黑、克罗地亚四国，有损塞尔维亚人的利益。卡灵顿提议就这项计划在各***和国实施公民投票。莫米尔·布拉托维奇统治的黑山最初同意这项计划。然而，由于塞尔维亚的米洛舍维奇施压，黑山改变了自身立场，反对这项解体南斯拉夫的计划。 在1991年3月底4月初，发生了十六湖事件，克罗地亚独立战争爆发，交战双方是克罗地亚政府和克拉依纳自治区的塞尔维亚人叛军（得到了塞尔维亚人控制的南斯拉夫人民军的支持）。1991年4月1日，克拉依纳自治区宣布它将自克罗地亚独立。克罗地亚宣布独立后，克罗地亚的塞尔维亚人也立即宣布建立西斯拉沃尼亚和东斯拉沃尼亚·巴拉亚·西斯雷姆自治组织。在1991年12月19日，这三个地区被合并入塞尔维亚克拉伊纳***和国。而克罗地亚东部的其他塞尔维亚人势力也声称他们要加入塞尔维亚克拉伊纳***和国。萨格勒布开始停止向贝尔格莱德缴交税款，而克罗地亚的塞尔维亚人也拒绝给萨格勒布纳税。在一些地方，南斯拉夫军队扮演了缓冲区的角色。而在其他地方，他们帮助塞尔维亚人对抗克罗地亚军队和警察、
在南斯拉夫解体的过程中，仇外和民族间的关系紧张在克罗地亚独立战争中明显体现。克罗地亚和塞尔维亚双方都在政治宣传中煽动对对方的恐惧，他们为了获得支持，在宣传中声称自己民族被迫害，并夸大自己民族的死者数。在战争初期的数月，塞尔维亚人支配的南斯拉夫陆军和海军包围了联合国教科文组织世界遗产，克罗地亚小镇斯普利特和杜布罗夫尼克及其附近的村庄，并对平民聚居区展开炮击。作为塞尔维亚的政治宣传，南斯拉夫的媒体宣称攻击的理由是因为这些城市有乌斯塔沙”的军队和国际恐怖分子藏匿。而根据联合国的调查，杜布罗夫尼克并没有这些武装力量。克罗地亚军队的战力在此之后增加。当时和米洛舍维奇有盟友关系的黑山总理米洛·久卡诺维奇趁此机会宣扬黑山民族主义，声称若杜布罗夫尼克被控制，黑山的领土将可扩大至杜布罗夫尼克。黑山的民族主义者主张杜布罗夫尼克在历史上属于黑山。并且如今黑山的国境是由古板且无知的布尔什维克的地图制作者划定的。同时，塞尔维亚政府否定了其盟友黑山政府的这些说法。塞尔维亚总理德拉古·泽莱诺维奇声称杜布罗夫尼克在历史上属塞尔维亚，并不属于黑山。各国的每天对塞尔维亚攻击杜布罗夫尼克十分关注，并报道这是米洛舍维奇在南斯拉夫解体过程中试图建设大塞尔维亚的证据。这些报道指出，米洛舍维奇在其黑山盟友和塞尔维亚民族主义者的支持下，为了夺取杜布罗夫尼克试图获得黑山的支持。
在武科瓦尔，克罗地亚人和塞尔维亚人民族间的紧张在南斯拉夫军队入城时发展为暴力。南斯拉夫军队和塞尔维亚人准军事组织通过城镇战占领了城市，破坏克罗地亚人的资产。塞尔维亚人武装势力对克罗地亚人施展暴行，杀害了超过200人，其他克罗地亚人则被强制驱逐出武科瓦尔。这个事件在之后被称为武科瓦尔屠杀。 1991年到1992年期间，在多民族居住的波斯尼亚与黑塞哥维纳，民族间的关系也日益紧张。波黑议会被多数派的波斯尼亚人（穆斯林）和少数派的塞尔维亚人、克罗地亚人党派所分裂。1991年，塞尔维亚人党派中势力最大的塞尔维亚民主党的领导人、激进派民族主义者拉多万·卡拉季奇对波黑的波斯尼亚人总统直接警告称，波黑若从南斯拉夫分离，对波黑和居住在波黑的波斯尼亚人都将会是毁灭性的，并做出如下发言：
你们正在做的事情不是好事。试图将波黑据为己有的你们的做法，和斯洛文尼亚及克罗地亚一样，是通往地狱的高速公路。如果你们觉得你们并没有将波黑送往地狱，那么穆斯林人也将走向灭绝。如果在这里发生，穆斯林人是无法保护自己的。——拉多万·卡拉季奇、1991年10月14日。在这里“穆斯林”是指波斯尼亚人。
1991年，塞尔维亚总统米洛舍维奇和克罗地亚总统图季曼曾秘密谈判将波黑瓜分为塞尔维亚人和克罗地亚人统治区，以回避在波黑发生战争。在波黑，波黑的塞尔维亚人于1991年11月举行公投，其结果显示大多数投票支持波黑继续和塞尔维亚及黑山留在一个国家内。
在公***场合，塞尔维亚的亲体制派媒体对外宣称，波黑将会基于民主政治，加入新的南斯拉夫。然而，波黑政府并没有认真接受这个提案。 在马其顿独立公投中，95.26%的投票者支持马其顿独立。在1991年9月，马其顿也宣布独立。有五百名美军士兵被联合国派驻至马其顿，监视马其顿和塞尔维亚的北部边境。然而，贝尔格莱德并没有干预马其顿的独立，也没有对马其顿的独立提出抗议。南斯拉夫并未阻止联合国的行动，并且承认了马其顿的独立，和马其顿树立的外交关系。马其顿因而成为南斯拉夫各***和国中唯一一个在独立过程中没有被武装干涉的国家。马其顿的首任总统基罗·格利戈罗夫和贝尔格莱德及各前南斯拉夫***和国都维持了友好关系。不过，马其顿和塞尔维亚之间仍然有边境问题以及普雷舍沃谷地问题。