合金装备2：自由之子的游戏背景

经过上次影子摩西岛事件后，猎狐犬部队叛军中的成员——实际身份是三重间谍的Revolver Ocelot（左轮山猫）将Metal Gear设计图纸传入黑市，一时之间，核武的威胁笼罩全球 。

索利德?斯内克（Solid Snake、简称：Snake、意为：固体蛇）加入了反Metal Gear的国际性组织，与OTACON博士合作调查新型“METAL GEAR”的详细资料，并向全世界发表以阻止其生产。Snake潜入停泊在港口的美军的一部运载着新型“METAL GEAR”的名叫DIscovery（探索）号的油轮内，搜寻所需的资料。但是上船后不久就发生了突发事件，军舰被一伙似乎是俄军的武装组织占领，Snake从望远镜里面看见武装中其中一人是苏联GRU的上校GURLUKOVICH。

油轮篇

在油轮的船舱中，Snake确认了Metal Gear Ray的存在。油轮遭到了与山猫联手的格鲁格维奇上校为首的俄国武装部队的劫持。随后Snake先是和武装成员，GURLUKOVICH的女儿OLGA展开枪战，后终于找到了新型号的METAL GEAR RAY。找到METAL GEAR RAY后，便用手持数码相机拍照做为证据。利用电脑将照片传送给了OTACON。

在对峙中，美军海军司令Scott和格鲁格维奇被突然叛变的山猫所杀。最为令Snake震惊的是，利奎德·斯内克（Liquid Snake、简称：Liquid、意为：液体蛇）竟借由移植了其遗体右臂的山猫而还魂，占据了山猫的躯体，驾驶着Metal Gear Ray摧毁了油轮，逃逸到深海之中。

Snake生死不明，并且背上了杀害Scott、夺走Ray以及摧毁油轮的污名。

大贝壳篇

两年以后，在油轮沉没的曼哈顿近海，泄漏石油的清理设施Big Shell（大贝壳）建成。自称Dead Cell的恐怖分子团体劫持了到此视察的总统及政府官员并要胁政府支付巨额的赎金。

猎狐犬部队的新人特工雷电受命潜入Big Shell营救总统及人质。

雷电在行动中遇到了被外界传闻已死的Snake的帮助，随着行动的深入，雷电发现Big Shell事件不过是对多年前的“影子摩西岛事件”的一个模拟，而一切的操纵者就是超越了国家与政权的神秘的爱国者组织。Dead Cell的首脑——前任总统，也是雷电的养父索利达斯·斯内克（Solidus Snake），同时也是Snake与Liquid的克隆兄弟的Solidus正是为了摆脱爱国者的控制才发动的恐怖袭击，却未料到自己的行动本身就是计划的一部分。

最终Big Shell下部隐藏的Arsenal Gear的AI失控，Arsenal Gear撞入曼哈顿。在联邦纪念馆的屋顶，雷电与Solidus父子间的对决不可避免。

故事以Solidus的失败告终，然而爱国者组织的面目刚刚露出冰山一角。