how have you been?

现在完成时的基本结构: have+动词过去分词

have 是构成动词现在完成时的助动词,表示“自xx时间以来”的意思。

been 是 be 动词的过去分词。

are是be动词的第二人称一般时。

就这个意义来说以下两个句子的结构是相同的:

how have you been? = how are you?