我想问一下美国NCIS与海军情报局有什么关系？

什么关系都没有。

首先，所谓“16个特务间谍机构”，其实应该叫做United States Intelligence Community（简称IC），是里根在1981年签署文件成立的一个统一的情报组织，包括16个不同部门机构组成的情报机构，以及2004年设立的“国家情报总监”办公室（The Office of the Director of National Intelligence），所以IC总***是17个机构。所有写着16个机构的资料都是2004年以前的老黄历了。

其次，NCIS应该非常广为人知吧，没看过电视剧么？NCIS全称Naval Criminal Investigative Service，顾名思义，职责是调查海军（也包括海军陆战队，因为同属海军部）内发生的犯罪，同时也涉足一些与海军（包括陆战队）有关的民间案件等。NCIS隶属于美国海军部，从而也隶属于国防部，行政上来说，NCIS跟海军本身是海军部下属的平行机构。而海军情报办公室则是1882年成立的一个海军情报部门，隶属于美国海军。

所以，不管从职能上来说，还是从行政从属来说，NCIS跟ONI都没什么关系。